تحقیق و پژوهش پیرامون موضوعات متنوع و جدید، می‌تواند گره از مشکلات متعددی درجامعه بازگشاید. اگر قبل از تحقیق، آسیب‌شناسی نسبت به ناهنجاری‌های اجتماع صورت بگیرد، می‌توان راهکارهای لازم را ارائه داده و اذهان را درگیر مسأله نمود؛ تحقیقات اینچنینی، کاملاً کاربردی بوده و به رفع موانع و مشکلات کمک خواهد کرد.

مشکل جدی که دراین مسیر درحوزه‌های علمیه وجود دارد، آن است که طلاب، با اهداف دقیق پژوهش آشنا نبوده و تحقیقات آن‌ها جنبه کاربردی ندارد. البته وجود کارشناسان تحقیق و آشنا به مسائل و مشکلات اجتماعی، امری اجتناب‌ناپذیر است. به طور معمول، انگیزه رفع موانع و مشکلات در ذهن و ضمیر طلاب وجود دارد ولی عدم حضور کسانی که این انگیزه را به سمت عملی شدن سوق دهند، احساس می‌شود. البته در مواردی نیز امکان عملیِ تحقیقات میدانی برای طلاب مدارس علمیه فراهم نیست. به هر روی، در میان طلاب مدارس علمیه، طلاب مستعد و توانمند حضور دارند که باید شناسایی و مورد حمایت قرار گیرند.

یکی از مشکلات پس از جشنواره‌ها، این است که طلاب مستعد و برگزیده، مورد حمایت و توجه جدی قرار نمی‌گیرند؛ از این رو، ممکن است آنان انگیزه لازم برای ادامه کار را از دست بدهند. بنابراین، لازم است که با تشویق برای شرکت در کارگاه‌های مختلف پژوهشی، توانمندی آن‌ها را بالا برده تا شاهد استمرار پویاییِ آن‌ها باشیم. پس، مشکلات همیشه از ناحیه کمبود بودجه نیست؛ بلکه حمایت‌های معنوی نیز در این مسیرلازم است.

یکی دیگر از مشکلات، آموزش محور بودن حوزه‌های علمیه است، به طوری که طلاب، بیشتر وقت خود را صرف آموزش می‌نمایند. باید نظارت جدی بر برنامه‌ریزی‌های آموزشی صورت گرفته و مورد بازبینی قرار گیرند. در این زمینه لازم است که از طریق اختصاص بخشی از فعالیت‌های علمی طلاب به آموختن روش‌های تحقیق و انجام تحقیقات علمی روشمند، در راستای تعمیق آموخته‌ها می‌تواند به رشد علمی طلاب مدارس علمیه کمک کند؛ همچنین تشویق و ترغیب اساتید مدارس علمیه نیز می‌تواند در تحقق این هدف بسیار مؤثر افتد.