تحقيق و پژوهش پيرامون موضوعات متنوع و جديد، مي‌تواند گره از مشکلات متعددي درجامعه بازگشايد. اگر قبل از تحقيق، آسيب‌شناسي نسبت به ناهنجاري‌هاي اجتماع صورت بگيرد، مي‌توان راهکارهاي لازم را ارائه داده و اذهان را درگير مسأله نمود؛ تحقيقات اينچنيني، کاملاً کاربردي بوده و به رفع موانع و مشکلات کمک خواهد کرد.

مشکل جدي که دراين مسير درحوزه‌هاي علميه وجود دارد، آن است که طلاب، با اهداف دقيق پژوهش آشنا نبوده و تحقيقات آن‌ها جنبه کاربردي ندارد. البته وجود کارشناسان تحقيق و آشنا به مسائل و مشکلات اجتماعي، امري اجتناب‌ناپذير است. به طور معمول، انگيزه رفع موانع و مشکلات در ذهن و ضمير طلاب وجود دارد ولي عدم حضور کساني که اين انگيزه را به سمت عملي شدن سوق دهند، احساس مي‌شود. البته در مواردي نيز امکان عمليِ تحقيقات ميداني براي طلاب مدارس علميه فراهم نيست. به هر روي، در ميان طلاب مدارس علميه، طلاب مستعد و توانمند حضور دارند که بايد شناسايي و مورد حمايت قرار گيرند.

يکي از مشکلات پس از جشنواره‌ها، اين است که طلاب مستعد و برگزيده، مورد حمايت و توجه جدي قرار نمي‌گيرند؛ از اين رو، ممکن است آنان انگيزه لازم براي ادامه کار را از دست بدهند. بنابراين، لازم است که با تشويق براي شرکت در کارگاه‌هاي مختلف پژوهشي، توانمندي آن‌ها را بالا برده تا شاهد استمرار پوياييِ آن‌ها باشيم. پس، مشکلات هميشه از ناحيه کمبود بودجه نيست؛ بلکه حمايت‌هاي معنوي نيز در اين مسيرلازم است.

يکي ديگر از مشکلات، آموزش محور بودن حوزه‌هاي علميه است، به طوري که طلاب، بيشتر وقت خود را صرف آموزش مي‌نمايند. بايد نظارت جدي بر برنامه‌ريزي‌هاي آموزشي صورت گرفته و مورد بازبيني قرار گيرند. در اين زمينه لازم است که از طريق اختصاص بخشي از فعاليت‌هاي علمي طلاب به آموختن روش‌هاي تحقيق و انجام تحقيقات علمي روشمند، در راستاي تعميق آموخته‌ها مي‌تواند به رشد علمي طلاب مدارس علميه کمک کند؛ همچنين تشويق و ترغيب اساتيد مدارس علميه نيز مي‌تواند در تحقق اين هدف بسيار مؤثر افتد.