یکی از اوصاف اصلی آدمی، اندیشه‌ورزی است. تولید فکر و اندیشه‌ورزی، جز در سایه‌ پژوهش و بهره‌گیری از یافته‌های پژوهشی مقدور نمی‌باشد. امروزه آنچه پیشرفت علمی، فرهنگی، اقتصادی و حتی سیاسی یک جامعه را در پی می‌آورد، پژوهش، تولید علم و مدیریت دانش است و از آنجا که حوزه‌های علمیه از دیرباز به عنوان مرکز علمی و پژوهشی شناخته می‌شدند که حتی غرب با بهره‌گیری از اندوخته علمی حوزه‌های شیعی، به پیشرفت‌های بزرگی دست یافت، بررسی علل موفقیت‌های گذشته حوزه‌های علمیه و علل رکود نسبی آن‌ها ضروری است.

حقیقت این است که حوزه‌ علمیه، به عنوان یک مرکز فرهنگی زنده‌ در دنیا، از جایگاهی بی بدیل برخوردار گشته است؛ این مرکز، اکنون دچار مشکلاتی است که رشد علم و پژوهش، در گرو رفع این نواقص است. نیاز به رشد علم و پژوهش، به ویژه در حوزه‌های دینی بر کسی پوشیده نیست.

عوامل درونی و بیرونی بسیاری، مانع از شرکت طلاب در فعالیتهای پژوهشی و تحقیقی می‌شود. باشناخت این عوامل می‌توان در رفع آن‌ها تلاش کرد:

عوامل درونی(عوامل مربوط به طلاب):

1. تقلید‌گرایی وعدم شهامت در تحقیق برای تغییر روش‌های رایج؛

2. سطحی نگری؛

3. اشتغالات غیرطلبگی و غیر علمی؛

4. عدم برنامه‌ریزی صحیح؛

5. عدم آشنایی با شیوه‌های تحقیق؛

6. ضعف روحیه پرسشگری؛

7. عدم آشنایی با منابع تحقیق و مهارت منبع‌یابی؛

8. حجم زیاد واحدهای آموزشی؛

9. عدم انگیزه، تنبلی و بی حوصلگی و توجیهات دیگر؛

10. عدم آگاهی به اهمیت تحقیق، فعالیت یک جانبه داشتن، در جهت آموزش و نمره‌گرایی.

این عوامل، موجب شده است که بارها و بارها، مقام معظم رهبری(مدظله‌العالی) از خطر ضعف بنیه علمی حوزه‌ها سخن می‌گویند و از آن به عنوان آفت یاد کنند.

عوامل بیرونی(عوامل مربوط به ساختار و مسئولین):

1. عدم ایجاد انگیزه برای تحقیق در بین طلاب؛

2. تشویق و پشتیبانی از آثار برتر و برگزیده؛

3. آموزش روش‌های جدید پژوهش؛

4. تلاش برای کاربردی نمودن پژوهش‌ها؛

5. برنامه‌ریزی‌های جامع و طولانی مدت در امر پژوهش؛

6. تجدید نظر در روش‌ها و گزینش بهترین روش؛

7. نیاز سنجی‌های علمی و پژوهشی.