يکي از اوصاف اصلي آدمي، انديشه‌ورزي است. توليد فکر و انديشه‌ورزي، جز در سايه پژوهش و بهره‌گيري از يافته‌هاي پژوهشي مقدور نمي‌باشد. امروزه آنچه پيشرفت علمي، فرهنگي، اقتصادي و حتي سياسي يک جامعه را در پي مي‌آورد، پژوهش، توليد علم و مديريت دانش است و از آنجا که حوزه‌هاي علميه از ديرباز به عنوان مرکز علمي و پژوهشي شناخته مي‌شدند که حتي غرب با بهره‌گيري از اندوخته علمي حوزه‌هاي شيعي، به پيشرفت‌هاي بزرگي دست يافت، بررسي علل موفقيت‌هاي گذشته حوزه‌هاي علميه و علل رکود نسبي آن‌ها ضروري است.
حقيقت اين است که حوزه علميه، به عنوان يک مرکز فرهنگي زنده در دنيا، از جايگاهي بي بديل برخوردار گشته است؛ اين مرکز، اکنون دچار مشکلاتي است که رشد علم و پژوهش، در گرو رفع اين نواقص است. نياز به رشد علم و پژوهش، به ويژه در حوزه‌هاي ديني بر کسي پوشيده نيست.
عوامل دروني و بيروني بسياري، مانع از شرکت طلاب در فعاليتهاي پژوهشي و تحقيقي مي‌شود. باشناخت اين عوامل مي‌توان در رفع آن‌ها تلاش کرد:
عوامل دروني(عوامل مربوط به طلاب):
1. تقليد‌گرايي وعدم شهامت در تحقيق براي تغيير روش‌هاي رايج؛
2. سطحي نگري؛
3. اشتغالات غيرطلبگي و غير علمي؛
4. عدم برنامه‌ريزي صحيح؛
5. عدم آشنايي با شيوه‌هاي تحقيق؛
6. ضعف روحيه پرسشگري؛
7. عدم آشنايي با منابع تحقيق و مهارت منبع‌يابي؛
8. حجم زياد واحدهاي آموزشي؛
9. عدم انگيزه، تنبلي و بي حوصلگي و توجيهات ديگر؛
10. عدم آگاهي به اهميت تحقيق، فعاليت يک جانبه داشتن، در جهت آموزش و نمره‌گرايي.
اين عوامل، موجب شده است که بارها و بارها، مقام معظم رهبري(مدظله‌العالي) از خطر ضعف بنيه علمي حوزه‌ها سخن مي‌گويند و از آن به عنوان آفت ياد کنند.
عوامل بيروني(عوامل مربوط به ساختار و مسئولين):
1. عدم ايجاد انگيزه براي تحقيق در بين طلاب؛
2. تشويق و پشتيباني از آثار برتر و برگزيده؛
3. آموزش روش‌هاي جديد پژوهش؛
4. تلاش براي کاربردي نمودن پژوهش‌ها؛
5. برنامه‌ريزي‌هاي جامع و طولاني مدت در امر پژوهش؛
6. تجديد نظر در روش‌ها و گزينش بهترين روش؛
7. نياز سنجي‌هاي علمي و پژوهشي.
به نظر مي‌رسد با رعايت اين عوامل از سوي طلاب و مسئولين، بتوان پژوهش را در حوزه‌هاي علميه و در بين طلاب نهادينه کرد.