مسأله هم‌دوشی آموزش و پژوهش در حوزه علمیه، مسأله «چگونگی» و از جنس «مسائل روشی» است؛ طبعاً هر کس برای اظهار نظر و تعیین تکلیف نسبت به این «هم‌دوشی» ابتدا باید تکلیف خود را با «مطلب لم» و پیش از آن «مطلب ما» پژوهش روشن کرده باشد. در تبیین چیستی پژوهش، برای تقریب به ذهن، و در یک کلام، می‌توان گفت که پژوهش، در واقع نوعی اجتهاد است؛ اگر مجتهد با استفراغ وسع، به سراغ منابع می‌رود تا با استفاده از ادله بتواند مسأله‌ای از مسائل شرعی را روشن و حکمی از احکام الهی را استنباط نماید و چنان در جستجوی خود، جهد به خرج می‌دهد که یأس عن الفحص حاصل آید، پژوهشگر نیز با بذل نهایت تلاش و توان، می‌کوشد در فرایندی نظام‌مند، مسأله‌ای از مسائل مرتبط با یک یا چند دانشی که در آن آموزش دیده و بدان مسلط است را پاسخ دهد.

پژوهشگر علوم دینی، گاه در پی آن است که معنای یک لفظ، یا تعریف یک مفهوم، و یا مصداقی از مصادیق آن را معین نماید؛ گاه می‌خواهد از لابلای متون، روابط میان امور ذهنی یا واقعیات خارجی را، آنگونه که هست، بیابد، و سپس به تبیین علل و عوامل آن بپردازد؛ و گاه مسأله او توجیه، اثبات، ابطال، یا معنادار کردن و نشان دادن معقولیت گزاره‌ها و آموزه‌های دینی و برداشت‌های مختلف از آن است؛ در همه این حالات، پژوهشگر با منابع متعدد و انبوه داده‌ها، رشته‌های مختلف علمی مدعی، رویکردهای متنوع علمای پیشین، و روش‌های مختلف حل مسأله روبرو است که هر روز هم بر تعداد آن‌ها افزوده می‌شود. انتظار می‌رود طلبه در دوره آموزشی خود توانایی و مهارت انجام این مهم را بدست آورد، و الاّ در بهترین حالت، صرفاً محموله حجیمی از محفوظات را بر دوش خود حمل می‌کند، که متعلق آن، پاسخ‌های گذشتگان به مسائل عهد خود است.

باید گفت که پژوهش به یک معنا، کارویژه اصلی هر علم آموز، و علت غایی آموزش است. این عبارت مختصر، باید راهبرد اصلی و رکن هر حوزه علمیه قرار گیرد؛ راهبردی که برای هر یک از اضلاع حوزه علمیه معنای خاص خود را به همراه خواهد داشت. از منظر یک طلبه، معنای این عبارت آن است که «باید در دوران طلبگی کارهایی انجام دهد، کتاب‌هایی بخواند، دوره‌هایی ببیند، و در محضر اساتیدی تلمذ کند» که به او توان پژوهش در عرصه‌های مختلف علوم اسلامی را انتقال بدهند. از منظر معاونت آموزش یا برنامه‌ریزان علمی حوزه، معنای این عبارت آن است که «برنامه‌های آموزشی، کتاب‌ها، اساتید و ابزارهای آموزشی مختلفی که به کار گرفته می‌شود، باید در نهایت از طلبه یک پژوهشگر عمومی یا تخصصی در گستره علوم اسلامی بسازد».

اکنون جا دارد هر دست‌اندرکار به این مسأله بیاندیشد که آیا عوامل دست‌اندر‌کار آموزش‌های حوزوی در سطوح خرد و کلان، و به طور خاص در سطح یک مدرسه علمیه، همگی در همین راستا حرکت می‌کنند؟ نسبت پژوهش و آموزش در یک نهاد آموزشی حوزوی چه باید باشد و اکنون چیست؟ آیا پژوهش ضمیمه آموزش است؟ آیا آموزش و پژوهش هم‌دوش یکدیگرند و هر یک بخشی از مسئولیتِ پرورشِ طلبه آرمانی را بر عهده دارند؟

بر خلاف تصور مشهور، پژوهش، نه فعالیتی هم‌چون دیگر فعالیت‌ها یا امور مربوط به نظام آموزشی، و یا جریانی هم‌عرض آن، بلکه باطن و جان و روح نظام آموزشی حوزه علمیه و فعالیت‌های آموزشی طلبه است و باید چنین باشد. بدین ترتیب نظام آموزشی زمانی می‌تواند «خوب»، «مطلوب»، «اثربخش»، و یا «کارآمد» تلقی شود که روح پژوهش بر آن حاکم باشد و اهداف پژوهشی را برآورده سازد. اگر بخواهیم این مطلب را ملاک و ضابطه ارزیابی یادگیری‌های فردی و جمعی طلاب، شیوه تدریس اساتید، و برنامه ریزی آموزشی مدرسه قرار دهیم، آنگاه باید خود را برای تغییر و تحولات اساسی آماده سازیم.

اینجا است که اهمیت اقداماتی چون برگزاری جشنواره‌های پژوهشی مشخص می‌شود. در حقیقت از آنجا که مبادی تصوری و تصدیقی و انگیزشی، نقطه آغاز همه افعال را رقم می‌زنند، اقدامات کلان از این دست می‌تواند در شکل دهی یا تغییر شکل این مبادی مؤثر باشد و استمرار و جریان آن در طول زمان، به تدریج زمینه تحول در زمینه پژوهش را فراهم کند. شور و شوق، جنب و جوش، و فضای ذهنی‌ای که به یمن برگزاری جشنواره علامه حلی طی سال‌های اخیر در سطح مدارس علمیه نسبت به پژوهش مشاهده می‌شود، به تدریج دغدغه آن و دستیابی به توانمندی و مهارت‌های مربوط را به یک نیاز و مطالبه عمومی همه طلاب و اساتید تبدیل می‌کند و زمانی که «تشنگی حاصل شد» طلاب و مدارس به صورت خودکار و خودجوش مسیر تحقق نیازهای مزبور را فراهم خواهند آورد.