مسأله هم‌دوشي آموزش و پژوهش در حوزه علميه، مسأله «چگونگي» و از جنس «مسائل روشي» است؛ طبعاً هر کس براي اظهار نظر و تعيين تکليف نسبت به اين «هم‌دوشي» ابتدا بايد تکليف خود را با «مطلب لم» و پيش از آن «مطلب ما» پژوهش روشن کرده باشد. در تبيين چيستي پژوهش، براي تقريب به ذهن، و در يک کلام، مي‌توان گفت که پژوهش، در واقع نوعي اجتهاد است؛ اگر مجتهد با استفراغ وسع، به سراغ منابع مي‌رود تا با استفاده از ادله بتواند مسأله‌اي از مسائل شرعي را روشن و حکمي از احکام الهي را استنباط نمايد و چنان در جستجوي خود، جهد به خرج مي‌دهد که يأس عن الفحص حاصل آيد، پژوهشگر نيز با بذل نهايت تلاش و توان، مي‌کوشد در فرايندي نظام‌مند، مسأله‌اي از مسائل مرتبط با يک يا چند دانشي که در آن آموزش ديده و بدان مسلط است را پاسخ دهد.
پژوهشگر علوم ديني، گاه در پي آن است که معناي يک لفظ، يا تعريف يک مفهوم، و يا مصداقي از مصاديق آن را معين نمايد؛ گاه مي‌خواهد از لابلاي متون، روابط ميان امور ذهني يا واقعيات خارجي را، آنگونه که هست، بيابد، و سپس به تبيين علل و عوامل آن بپردازد؛ و گاه مسأله او توجيه، اثبات، ابطال، يا معنادار کردن و نشان دادن معقوليت گزاره‌ها و آموزه‌هاي ديني و برداشت‌هاي مختلف از آن است؛ در همه اين حالات، پژوهشگر با منابع متعدد و انبوه داده‌ها، رشته‌هاي مختلف علمي مدعي، رويکردهاي متنوع علماي پيشين، و روش‌هاي مختلف حل مسأله روبرو است که هر روز هم بر تعداد آن‌ها افزوده مي‌شود. انتظار مي‌رود طلبه در دوره آموزشي خود توانايي و مهارت انجام اين مهم را بدست آورد، و الاّ در بهترين حالت، صرفاً محموله حجيمي از محفوظات را بر دوش خود حمل مي‌کند، که متعلق آن، پاسخ‌هاي گذشتگان به مسائل عهد خود است.
بايد گفت که پژوهش به يک معنا، کارويژه اصلي هر علم آموز، و علت غايي آموزش است. اين عبارت مختصر، بايد راهبرد اصلي و رکن هر حوزه علميه قرار گيرد؛ راهبردي که براي هر يک از اضلاع حوزه علميه معناي خاص خود را به همراه خواهد داشت. از منظر يک طلبه، معناي اين عبارت آن است که «بايد در دوران طلبگي کارهايي انجام دهد، کتاب‌هايي بخواند، دوره‌هايي ببيند، و در محضر اساتيدي تلمذ کند» که به او توان پژوهش در عرصه‌هاي مختلف علوم اسلامي را انتقال بدهند. از منظر معاونت آموزش يا برنامه‌ريزان علمي حوزه، معناي اين عبارت آن است که «برنامه‌هاي آموزشي، کتاب‌ها، اساتيد و ابزارهاي آموزشي مختلفي که به کار گرفته مي‌شود، بايد در نهايت از طلبه يک پژوهشگر عمومي يا تخصصي در گستره علوم اسلامي بسازد».
اکنون جا دارد هر دستاندرکار به اين مسأله بيانديشد که آيا عوامل دستاندرکار آموزش‌هاي حوزوي در سطوح خرد و کلان، و به طور خاص در سطح يک مدرسه علميه، همگي در همين راستا حرکت مي‌کنند؟ نسبت پژوهش و آموزش در يک نهاد آموزشي حوزوي چه بايد باشد و اکنون چيست؟ آيا پژوهش ضميمه آموزش است؟ آيا آموزش و پژوهش هم‌دوش يکديگرند و هر يک بخشي از مسئوليتِ پرورشِ طلبه آرماني را بر عهده دارند؟
بر خلاف تصور مشهور، پژوهش، نه فعاليتي هم‌چون ديگر فعاليت‌ها يا امور مربوط به نظام آموزشي، و يا جرياني هم‌عرض آن، بلکه باطن و جان و روح نظام آموزشي حوزه علميه و فعاليت‌هاي آموزشي طلبه است و بايد چنين باشد. بدين ترتيب نظام آموزشي زماني مي‌تواند «خوب»، «مطلوب»، «اثربخش»، و يا «کارآمد» تلقي شود که روح پژوهش بر آن حاکم باشد و اهداف پژوهشي را برآورده سازد. اگر بخواهيم اين مطلب را ملاک و ضابطه ارزيابي يادگيري‌هاي فردي و جمعي طلاب، شيوه تدريس اساتيد، و برنامه ريزي آموزشي مدرسه قرار دهيم، آنگاه بايد خود را براي تغيير و تحولات اساسي آماده سازيم.
اينجا است که اهميت اقداماتي چون برگزاري جشنواره‌هاي پژوهشي مشخص مي‌شود. در حقيقت از آنجا که مبادي تصوري و تصديقي و انگيزشي، نقطه آغاز همه افعال را رقم مي‌زنند، اقدامات کلان از اين دست مي‌تواند در شکل دهي يا تغيير شکل اين مبادي مؤثر باشد و استمرار و جريان آن در طول زمان، به تدريج زمينه تحول در زمينه پژوهش را فراهم کند. شور و شوق، جنب و جوش، و فضاي ذهني‌اي که به يمن برگزاري جشنواره علامه حلي طي سال‌هاي اخير در سطح مدارس علميه نسبت به پژوهش مشاهده مي‌شود، به تدريج دغدغه آن و دستيابي به توانمندي و مهارت‌هاي مربوط را به يک نياز و مطالبه عمومي همه طلاب و اساتيد تبديل مي‌کند و زماني که «تشنگي حاصل شد» طلاب و مدارس به صورت خودکار و خودجوش مسير تحقق نيازهاي مزبور را فراهم خواهند آورد.