ضرورت پژوهش در عصر حاضر بر کسی پوشیده نیست. همان‌طور که یافتن قولِ حق در میان انبوهِ آراءِ گوناگون که انسان امروزی با آن مواجه است، بدون پژوهش مقدور نیست، دستیابی به دانش که از مؤلفه‌های اقتدار در جهان امروز است نیز بدون انجام پژوهش‌های جدی در عرصه‌های مختلف علمی ممکن نیست. دین مبین اسلام، با دعوت از پیروان خود به سؤال و تفکر، آنان را متوجه امر پژوهش نموده است و اهل تفکر و جستجوگران حقیقت را بسی مدح نموده است. پرورش پژوهشگران بزرگ در دامان تمدن بزرگ اسلامی را باید از ثمرات این فرهنگ ازشمند دانست. بر این اساس، تدوین یک برنامه مدوّن و اجرایی برای آشنا کردن دانشجویان با مهارت پژوهش، از مهم‌ترین دغدغه‌های تمام مراکز علمی و پژوهشی بوده است. در این میان مراکز علمی حوزوی نیز با ایجاد پژوهشکده‌ها، برگزاری جشنواره‌ها و برپایی کرسی‌های آزاد اندیشی و همایش‌های علمی درصدد تحقق این امر بوده‌اند. مدیریت حوزه‌ علمیه تهران، چند سالی است با برگزاری جشنواره علامه حلی(ره)، جشنواره علامه شعرانی(ره) و معرفی اساتید جهت آموزشِ پژوهش به مدارس، سهم مهمی در تحقق این امر داشته است. حوزه علمیه امام خمینی(ره)، ایجاد روحیه پژوهش و ایجاد مهارت در آن را کانون توجه خود در تدوین برنامه‌ها قرار داده و با دعوت از شخصیت‌های علمی پژوهشی در رشته‌های مختلف، برگزاری کارگاه‌ها و همایش‌ها ومناظرات علمی، سعی نموده گام‌های مثبتی در تحقق این امر بردارد؛ از جمله اقدامات انجام شده در سال تحصیلی جاری در این مدرسه، اجرای برنامه‌های ذیل می‌باشد: 1. ایجاد کارگروه‌های علمی در رشته‌های قرآن و حدیث، فقه و اصول، منطق و فلسفه، تاریخ، کلام و ادبیات عرب با حضور اساتید مشاور پژوهشی؛ 2. برگزاری سالانه جشنواره علمی میرداماد، جهت ارائه پژوهش‌های برتر و تقدیر از پژوهشگران برتر مدرسه؛ 3. چاپ مقالات طلاب در فصلنامه «ژرفا»؛ 4. برگزاری کارگاه‌های آموزش روش تحقیق و آشنایی با منابع ادبیات عرب؛ 5. برگزاری سلسله جلسات «آشنایی با صفحاتی از تاریخ اندیشه سیاسی اسلام»؛ 6. برگزاری کارگاه «آشنایی با منهج فقهی اصولی شهیدین».