ضرورت پژوهش در عصر حاضر بر کسي پوشيده نيست. همان‌طور که يافتن قولِ حق در ميان انبوهِ آراءِ گوناگون که انسان امروزي با آن مواجه است، بدون پژوهش مقدور نيست، دستيابي به دانش که از مؤلفه‌هاي اقتدار در جهان امروز است نيز بدون انجام پژوهش‌هاي جدي در عرصه‌هاي مختلف علمي ممکن نيست. دين مبين اسلام، با دعوت از پيروان خود به سؤال و تفکر، آنان را متوجه امر پژوهش نموده است و اهل تفکر و جستجوگران حقيقت را بسي مدح نموده است. پرورش پژوهشگران بزرگ در دامان تمدن بزرگ اسلامي را بايد از ثمرات اين فرهنگ ازشمند دانست. بر اين اساس، تدوين يک برنامه مدوّن و اجرايي براي آشنا کردن دانشجويان با مهارت پژوهش، از مهم‌ترين دغدغه‌هاي تمام مراکز علمي و پژوهشي بوده است. در اين ميان مراکز علمي حوزوي نيز با ايجاد پژوهشکده‌ها، برگزاري جشنواره‌ها و برپايي کرسي‌هاي آزاد انديشي و همايش‌هاي علمي درصدد تحقق اين امر بوده‌اند. مديريت حوزه علميه تهران، چند سالي است با برگزاري جشنواره علامه حلي(ره)، جشنواره علامه شعراني(ره) و معرفي اساتيد جهت آموزشِ پژوهش به مدارس، سهم مهمي در تحقق اين امر داشته است. حوزه علميه امام خميني(ره)، ايجاد روحيه پژوهش و ايجاد مهارت در آن را کانون توجه خود در تدوين برنامه‌ها قرار داده و با دعوت از شخصيت‌هاي علمي پژوهشي در رشته‌هاي مختلف، برگزاري کارگاه‌ها و همايش‌ها ومناظرات علمي، سعي نموده گام‌هاي مثبتي در تحقق اين امر بردارد؛ از جمله اقدامات انجام شده در سال تحصيلي جاري در اين مدرسه، اجراي برنامه‌هاي ذيل مي‌باشد: 1. ايجاد کارگروه‌هاي علمي در رشته‌هاي قرآن و حديث، فقه و اصول، منطق و فلسفه، تاريخ، کلام و ادبيات عرب با حضور اساتيد مشاور پژوهشي؛ 2. برگزاري سالانه جشنواره علمي ميرداماد، جهت ارائه پژوهش‌هاي برتر و تقدير از پژوهشگران برتر مدرسه؛ 3. چاپ مقالات طلاب در فصلنامه «ژرفا»؛ 4. برگزاري کارگاه‌هاي آموزش روش تحقيق و آشنايي با منابع ادبيات عرب؛ 5. برگزاري سلسله جلسات «آشنايي با صفحاتي از تاريخ انديشه سياسي اسلام»؛ 6. برگزاري کارگاه «آشنايي با منهج فقهي اصولي شهيدين».