حوزه های علمیه شیعی در عصر غیبت بزرگ، پاسبان حقیقی مرزهای علوم و معارف اهل بیت بوده و هستند و عَلَمِ دین مداری و نشر آن به دست توانای روحانیت شیعه در طول تاریخ با مظلومیت تمام برافراشته شده و بر افراشته مانده است. حکومت اسلامی، این آرزوی دیرینه علمای شیعه، به دست بزرگ مردی از تبار صالحین و بقیه صالح سلف صادق و دلسوز حوزه های علمیه، امروز با قدرت برقرار است و این نعمتی بزرگ و امانتی گران بها به دست ما است که وظیفه سنگینی را برای نظام حوزوی شیعه تعریف می کند.
همان طور که برخی از ابواب فقهی با نگاه حکومتی دوباره باید نزد اهل علم بررسی شود و متناسب با نظام اسلامی اجرا گردد، حوزه های علمیه نیز امروز باید متناسب با نظام ولایی شیعه دوباره تعریف شود. آنچه که باعث رشد و شکوفایی حوزه های شیعی بوده عدم وابستگی به حکومت ها و دولت هاست و البته ارتباط فقیه با مراجع به عنوان حاکمان شرع و دین به طوری که تغییر حکومت ها و نظام ها در مسیر نقش آفرین حوزه ها بی تأثیر بوده و همیشه تاریخ با اتکاء به مراجع دینی پاسخگوی نیازهای مردم و جامعه شیعی بودند. لکن امروز که حاکمیت جامعه در دست نهاد مرجعیت شیعی است و به صورت نظریه ای ناب مبتنی بر مبانی عقلی به عنوان ولایت فقیه مظهر قدرت روحانیت شیعه در عرصه مدیریت کشور و دنیا می باشد، حوز های علمیه طبق سنت قطعیه سلف وابسته و مرتبط با این نهاد بوده و هستند و منویات و دستورات رهبری این پرچمدار قدرت و صلابت شیعه در عصر امروز، مبنای حرکت و برنامه ریزی حوزه ها باید باشد. رهبری دینی نظام، با افق بالا و تسلط بر مسائل جهانی، راهنما و میزان حرکت دینی تشیع در جهان است و حوزه های علمیه بازوان پرتوان مقام ولایت جهت حاکمیت ارزش های الهی در جهان هستند. نظام اسلامی و ولایت فقیه همان طوری که محصول تلاش حوزه است، ضامن حیات حوزه های علمیه می باشد که با نگاه حاکمیت اسلامی حیات و شادابی معنوی در حوزه ها دمیده می شود. این نهاد دینی وظیفه مدار و پرشور در عرصه خدمت در جهان امروز با پیوندی عمیق با ولایت تعریف می شود که مزین به عنوان حوزه منتظر می شود.