در بهمن 1308 هجری شمسی در مشهد در خانواده‌ای روحانی به دنیا آمد و تا نه سالگی در آن شهر بود و سپس در سال 1317 به تهران منتقل گردید و تحصیلات خود را در سطح ابتدائی و متوسطه دنبال کرد. از سال 1323 شروع به تحصیلات حوزه‌ای کرد و برای استفاده از محضر استادان بزرگ در سالهای 1326 و 1327 به مشهد آمد و در مدرسۀ نواب اقامت گزید و علوم حوزوی را در حوزه‌های علمیۀ مشهد و تهران تا مرحلۀ اجتهاد فرا گرفت و موفق به اخذ درجۀ اجتهاد از آیت اللّه کاشف الغطاء و آیت‌اللّه سیدمحمدتقی خوانساری گردید.
در سال 1327 وارد دانشگاه تهران شد و دورۀ دکتری الهیات را در سال 1337 به پایان رسانید و در سال 1338 موفق به اخذ درجۀ دکتری در زبان و ادبیات فارسی از دانشگاه تهران گردید و در سال 1339 پس از شرکت در آزمون دانشیاری به عضویت هیئت آموزشی گروه زبان و ادبیات فارسی دانشگاه تهران درآمد و پیش از آن به مدت نه سال در دبیرستانهای تهران تدریس کرده بود که مدت سه سال از آن مدیر بخش کتب خطی کتابخانۀ ملی فرهنگ هم بود. در سال 1340 از طرف دانشگاه لندن دعوت برای تدریس در دانشکدۀ زبانهای شرقی شد و به مدت دو سال در آن دیار به سر برد. در سال 1345 به مقام استادی دانشگاه نائل آمد و تا سال 1361 که بازنشسته گردید با همان سمت در گروههای زبان و ادبیات فارسی و عربی و فلسفه و علوم اجتماعی دانشگاه اجتماعی دانشگاه تهران به تدریس درسهای مختلف پرداخت. طی سالهای 1344-1347 و 1355-1357 و 1360-1361 در دانشگاه مک‌گیل کانادا به تدریس فلسفه و کلام و عرفان اسلامی پرداخت و در سال 1347 شعبۀ مؤسسۀ مطالعات اسلامی آن دانشگاه را در تهران تأسیس کرد و نتیجۀ آن نشر متجاوز از شصت اثر نفیس در زمینه‌های مختلف علوم اسلامی است که با همکاری متجاوز از سی تن از استادان داخل و سی تن از استادان خارجی در دو مجموعۀ «سلسلۀ دانش ایرانی» و «تاریخ علوم در اسلام» فراهم آورد و به جامعۀ علمی تقدیم داشت.
در سال 1353 به عنوان رئیس انجمن استادان زبان و ادبیات فارسی برگزیده شد و با استفاده از امکانات مؤسسۀ مطالعات اسلامی ده اثر به استادان آن رشته تقدیم داشت و نیز در همین سال به عنوان عضو هیئت امنا با انجمن فلسفه همکاری کرد و در نشر آثار علمی دانشمندان شیعی ایرانی به وسیلۀ آن انجمن در این توفیق علمی سهیم گردید. پس از بازنشستگی سالی سه ماه در کانادا به مدت پنج سال تدریس کرد و پس از آن پنج سال در مؤسسۀ بین‌المللی اندیشه و تمدن اسلامی مالزی به عنوان «استاد ممتاز فلسفۀ اسلامی» به تدریس و تحقیق اشتغال ورزید و نشر مجموعه‌ای از متون و تحقیقات در زمینۀ علوم اسلامی را بنیان نهاد که تاکنون دوازده مجلد از آن به وسیلۀ آن مؤسسه در تهران و کوالالامپور در مجموعۀ «اندیشۀ اسلامی» منتشر شده است. و نیز به دعوت دانشگاه آکسفورد سالی یک ماه در آنجا به تحقیق و مطالعه دربارۀ تاریخ پزشکی اشتغال داشته و برخی از استادان را در راهنمائی رساله‌های دکتری در زمینه علوم اسلامی یاری کرده است.
پس از انقلاب اسلامی به ریاست دانشکدۀ دماوند منصوب شد و پس از آن در سال 1361 سازمان دائره‌المعارف تشیع را پایه‌ریزی کرد و همچنین پس از انتصاب به عضویت هیئت امنای بنیاد دائره‌المعارف اسلامی در سال 1362 مدت دو سال به عنوان مدیرعامل آن نهاد را سازمان داد و اداره کرد. بعد از بازنشستگی در دوره‌های فوق لیسانس و دکتری دانشگاه های مشهد و اصفهان و امام صادقg و شهید مطهری و الزهراء و تربیت مدرس و تربیت معلم و دانشگاه آزاد اسلامی کرج تدریس و دانشجویان را در تحریر رساله‌های فوق لیسانس و دکتری راهنمائی کرد. پیش از انقلاب به عضویت پیوستۀ پیوستۀ ان منصوب گشت و نیز با عضویت وابستۀ فرهنگستان علوم پزشکی در گروه طب اسلامی و پزشکی سنتی همکاری خود را ادامه داد. در بسیاری از مجامع بین‌المللی عضویت دارد از جمله: فرهنگستان زبان عرب مصر، و فرهنگستان زبان عرب دمشق، و فرهنگستان علوم و تمدن اسلامی اردن، و فرهنگستان علمی هند، و انجمن بین‌المللی تاریخ پزشکی، و انجمن بین‌المللی فلسفه در قرون وسطی و در متجاوز از هفتاد مجمع بین‌المللی شرکت داشته و در آن سخنرانی به زبانهای انگلیسی و عربی ایراد کرده و همچنین در متجاوزاز چهل مجمع مهم علمی داخلی نیز شرکت و مقالۀ علمی به آن مجامع تقدیم داشته است.
کتابهای او اعم از تألیف و ترجمه و تصحیح و مجموعۀ مقالات به پنجاه، و مقالات فارسی به عربی به یکصد و سی، و مقالات انگلیسی به متجاوز از سی و پنج بالغ می‌شود. این مقالات در مجلات دانشگاه های ایران و نشریات علمی کشور و همچنین در مجلات علمی کشورهای انگلستان و فرانسه و امریکا و ایتالیا و هلند و ترکیه و مصر و اردن و لبنان و سوریه و افغانستان و پاکستان و هندوستان چاپ و منتشر گشته است.
از آثار او کتاب فیلسوف ری محمد بن زکریای رازی (انتشارات انجمن آثار ملی، 1349) تألیف درجۀ اول و برندۀ جایزه در سال 1349، و کتاب مفتاح الطب با خلاصه ترجمۀ انگلیسی و فارسی (انتشارات مؤسسۀ مطالعات اسلامی دانشگاه تهران ـ دانشگاه مک‌گیل 1368) برندۀ جایزۀ بهترین کتاب جمهوری اسلامی ایران در سال 1369 و کتاب مجموعۀ متون و مقالات در تاریخ و اخلاق پزشکی در اسلام و ایران (انتشارات سروش 1374) برندۀ جایزه دوازدهمین جشنوارۀ بین‌المللی خوارزمی در سال 1377 شده است. دریافت نشان 1379، برندۀ جایزۀ پیش کوتان، 1380، برندۀ جایزه چهره‌های ماندگار.
دکتر مهدی محقق در سال 1378 از طرف هیأت امنای انجمن آثار و مفاخر فرهنگی به ریاست هیأت مدیرۀ آن انجمن منصوب گشت.