بی‌تردید، تعقل و تفکر، در متون مقدس اسلامی جایگاه بسیار مهمی دارد. بر اساس دستورات قرآن کریم و اولیای دین، باید در اصول عقیده، تابع عقل بود و نه تقلید. آنچه ما را بر آن می‌دارد مسلمان باشیم نه یهودی، مسیحی، زرتشتی، هندو، بودایی یا تائوئیست، موازین عقلی است نه احساسات. مسلمان در جلسه بحث با یک بودایی باید بتواند دلایل عقلی قانع‌کننده‌ای برای وجود خدا، توحید، نبوت نبی مکرم اسلام و خاتمیت آن بیاورد و دلایل او را مبنی بر حقانیت آیین بودا، چهار حقیقت اصلی بودایی، وجود سه کالبد بودا، نظارت و مددرسانی بوداهای آینده (بودیستوهها) به همه انسانها و دیگر آموزه‌های این آیین ابطال کند. این همه نیاز به منطق، علم کلام و فلسفه‌ای قوی دارد. نیاز به علوم عقلی در حوزههای علمیه تشیع، امروزه که ارتباط و تلاقی ادیان با یکدیگر بسیار زیاد شده است، امری کاملا هویدا است. علاوه بر ادیان، مکاتب فکری و فلسفی بسیار گوناگونی که عمدتا در مغرب زمین تولید شده‌اند، اصول عقیدتی ما را تهدید می‌کنند و به چالش می‌خوانند. تولیدات فکری غرب نه تنها اصول عقاید بلکه حتی حوزههای درون دینی ما نظیر فقه و اصول فقه را نیز در امان نگذارده‌اند و هر از چندی پرسش یا شبه‌های نو در می‌رسد و متفکرین ما در حوزههای علمیه را به پاسخ و نظریه‌پردازی می‌کشد. آیا در چنین شرایطی می‌توان سخن از تعطیل علوم عقلی (منطق، کلام، فلسفه و عرفان نظری) به زبان راند؟
تاکیدات رهبر اندیشمندمان که گوهر تابان حوزههای علمیه تشیع‌اند بر ضرورت علوم عقلی از نظرها پنهان نیست. امام راحل نیز با آثار و گفتارها و بلکه با سیره عملی‌شان، دلیلی تام بر ضرورت جمع میان علوم عقلی و نقلی در حوزه‌ها بودند. با وجود دلایل متقن بر ضرورت مزبور و تاکیدات دو رهبر نافذ البصیره و آگاه از همه نیازهای جامعه اسلامی، انتظار آن است که همه نیروها صرف پیشرفت، توسعه و البته تنقیح و تهذیب میراث عظیم عقلی عالم اسلام شود، اما در این میان، هنوز مقاومت‌هایی مشاهده می‌شود. البته باید ماهیت، هدف و میزان مقاومت‌ها شناخته شود و هسته‌های مقاومت از این زوایا تفکیک شوند. گاه مقاومت‌ها خیرخواهانه، دلسوزانه و از بیم کاسته شدن ایمان طلاب بر اثر ورود شبهات در اذهان آنان است ...
در گذشته، مخالفت با منطق و کلام و فلسفه، همواره نمایندگانی داشته است. گاهی این ستیزه آنچنان سرسختانه شده است که گفته‌اند: «من تمنطق تزندق» یعنی هر کس منطقی شد به کفر و زندقه می‌افتد. ظاهرا اولین مخالفت علنی با منطق، توسط فردی به نام ابو العباس معروف به ابن شرشیر در قالب نگارش یک کتاب انجام شده است که ابو سعید سیرافی نحوی مشهور در مناظره با متی بن یونس که از اولین منطقیون عالم اسلام است به کتاب مزبور استناد می‌کند. نحویون متاخرتر هرچند خود در نحو، گرایشات فلسفی و تحلیلی عقلی یافته‌اند (نظیر ابن جنی) اما با منطق و فلسفه سر خوشی ندارند. غرب عالم اسلام یعنی اندلس نیز عمدتا تحت تاثیر نحو و علوم عقلی است و جوی ضد فلسفی دارد هرچند منطق‌دانهای بزرگی نیز داشته است.
یک زمان، ظاهریه و اصحاب حدیث بر علیه علم کلام قیام کرده بودند و شعارشان ایمان صرف به ظواهر کتاب و سنت بود بدون هر گونه سوال از ماهیت مفاهیم طرح شده در آنها. زمانی دیگر فقهای عامه، از جمله نووی، طرشوشی و ابن الصلاح علیه غزالی که مدافع منطق بود فتوا صادر می‌کردند و اشتغال به منطق و تعلیم و تعلم آن را حرام اعلام می‌کردند. از جمله ابن الصلاح می‌گوید: منطق مدخل فلسفه است و مدخل شر، شر است. غزالی در قرن پنجم هرچند با منطق موافق بود اما در رد بر فلسفه کتاب «تهافت الفلاسفه» یعنی ضد و نقیض‌گویی‌های فلاسفه را تالیف نمود. محمد بن عبد الکریم شهرستانی مولف مشهور کتاب الملل و النحل نیز با فلسفه ضدیت داشت. او نام کتابی را که در این زمینه نوشت، «مصارعه الفلاسفه» گذارد که به معنی کشتی گرفتن با فلاسفه است.
در قرن ششم، سیف‌الدین آمدی با کتاب «کشف التمویهات» در برابر فلاسفه خصوصا ابن سینا ایستاد. اما از میان معارضان جدی علوم عقلی، باید از ابنتیمیه در قرن هشتم نام برد. او کتاب مشهور «الرد علی المنطقیین» را نگاشت و همه مظاهر علوم عقلی را رد کرد. به عقیده او عقل حوزه عملی بسیار محدود دارد؛ ابتدا به اثبات خدا و نبوت با براهین بسیار ساده و ابتدایی اقدام می‌کند و هنگامی که وجوب اطاعت محض از رسول ثابت شد عقل کارش را تعطیل می‌کند و صرفا به شنیدن و پذیرش دستورات می‌پردازد.
جلال‌الدین سیوطی در قرن نهم که فرزانه علوم نقلی است و مولف بسیار پرکاری بوده است، کتاب «صون المنطق و الکلام عن المنطق و الکلام» یعنی محفوظ داشتن سخن از علم منطق و کلام را نگاشت و سخنان ابن تیمیه را احیا کرد.
بلیه بزرگی که در قرن‌های بعد برای عالم تشیع به وجود آمد ظهور و قوت گرفتن اخباری‌گری و جمود بر نقل بود. اخباریون حتی با آن شکل از تعقلی که در قالب علم اصول فقه انجام می‌گیرد مخالف بودند. شیخ احمد احسائی به وضوح و صراحت از ناسازگاری سخنان فلاسفه و اهل بحث با قواعد دین سخن می‌گوید. جمودگرایی مزبور از طریق حاج سید کاظم رشتی ادامه یافت و نهایتا سر از شیخی‌گری، بابیگری و بهائیت درآورد. اگر عقل تعطیل شود و تمام پاسخ‌های عقیدتی و بلکه فقهی از نقل جسته شود، نهایتا در زمان غیبت نیازمند رکن رابع یعنی باب یا رابط میان ما و امام غایب خواهیم شد ... همین طرز تفکر است که به شکلگیری یک فرقه ضاله انجامیده است.
وزن مخالفت‌ها با علوم عقلی چنان که پیشتر گفتیم کاملا متفاوت است. مشهورترین مخالفتی که در عصر ما با فلسفه شده از سوی رادمردانی مهذب و اخلاقی یعنی حامیان مکتب تفکیک صورت پذیرفته است. عالم متقی مرحوم میرزا مهدی اصفهانی که موسس این مکتب است در کتابش مصباح الهدی می‌نویسد: «ان اکبر المقائیس و احسنها قیاس البرهان و هو موسس علی العلیه و المعلولیه ... و العلیه من اصلها باطله». ایشان یکی از اساسیترین اصول عقلی یعنی علیت را آشکارا انکار می‌کند. همچنین ایشان وجود داشتن خداوند را به معنایی غیر از معنای وجود داشتن انسان می‌شمارد یعنی به اشتراک لفظی کلمه «وجود» قایل است. لازمه این سخن البته آن است که وقتی می‌گوییم خدا هست، معنای آن را نفهمیم زیرا ما تنها از معنای جملاتی نظیر «انسان هست» سر در می‌آوریم!
مخالفتی كه موسس مكتب تفكیك با اصل علیت و بداهت اشتراك معنوی وجود نموده است برای هر متفكری جای تامل دارد؛ داعیه‌های چنین ستیزهای با اصول بدیهی علوم عقلی چیست؟ اگر نخواهیم نوشتار را طولانی كنیم، در اینجا اجمالا به جمعبندی علل ستیزه با علوم عقلی اشاره نموده، نشان دادن مصادیق و نمونه‌های هر یك را به فرصتی دیگر موكول می‌كنیم:
1- تعصب نسبت به علم نقلی که شخص صاحب آن است: «کل حزب بما لدیهم فرحون».
2- بدفهمی و عدم تضلع در علوم عقلی
3- ورود اولیه فلسفه و منطق از یونان به عالم اسلام (به رغم آنکه اسلام تعلیم می‌دهد که لا تنظر الی من قال بل انظر الی ما قال)
4- برخی نظرات انحرافی و مخالف نصوص شرعی که نزد برخی فلاسفه و متکلمین دیده می‌شود (به رغم آنکه نظرات مخالف با نصوص شرعی در آثار فقهی و تفسیری نیز دیده می‌شود و چند خطا در یک علم، دلیل متقنی بر رد کل آن علم قطعا نیست).
