اهمّ فعالیت های پژوهشی این مدرسه عبارت است از: برگزاری كارگاه های آموزشی روش تحقیق برای پایه های مختلف و در سال پنجم برای تحقیق پایانی؛ برگزاری چندین نشست، میزگرد و همایش در ارتباط با مسائل اعتقادی و اجتماعی روز؛ تشكیل گروه های پژوهشی متشكّل از فارغ التحصیلان و نظارت بر فعالیت ها؛ تعامل و ارتباط با نهادها در زمینه های مختلف فرهنگی، اجتماعی، علمی و پژوهشی. مدرسه فاطمیه چیذر دارای واحد پژوهشی است و از امكاناتی؛ چون كتابخانه با تعداد 10 هزار جلد كتاب، سالن مطالعه، بانك سیدی، مجلات و اتاق سایت، جهت استفاده طلاب برخوردار می باشد.