پژوهش، نقش مهمي در توليد دانش، دانايي و پيشرفت جامعه انساني ايفاء مي‌کند. ميزان پژوهش‌هاي انجام شده در هر جامعه، شاخص توسعه‌يافتگي آن جامعه به حساب مي‌آيد. يکي از عوامل مهم شناخت مشکلات و نقصان‌هاي هر جامعه‌اي، پژوهش است که توجّه به آن، علاوه بر اين‌که به فرد کمک مي‌کند تا بتواند مسائل و دغدغه‌هاي فردي خود را سامان بخشد، مي‌تواند به حلّ مشکلات جامعه نيز ياري رساند. اما نکته‌اي که بايد به آن عنايت داشت، تخصّصي بودن پژوهش و ضرورت توجّه به اين نکته است که پژوهش همانند هر فنّ ديگري، به تخصّص و آموزش نياز دارد تا فرد بتواند به صورت منظم و سازمان‌يافته به پژوهش بپردازد. بر اساس آمارهاي انجام‌شده، در کشورهاي پيشرفته به ازاي هر يک ميليون نفر، سه هزار پژوهشگر وجود دارد؛ در حالي که اين رقم در کشور ما، 348 محقق به ازاي هر يک ميليون نفر است. پاسخ به اين سؤال، افزون بر اين‌که تا حدّي به عدم حمايت مالي نهادهاي متولّي از پژوهشگران مرتبط است، اما ريشه‌هاي عميق‌تري در درون خود دارد. نهادهاي آموزشي جامعه ما کمتر به مقوله پژوهش، در مقام يک فن توجّه کرده‌اند و در برنامه‌هاي درسي خود آن را تا حدّ يک رشته درجه دو فروکاسته‌اند.
پژوهش در حوزه علميه، تاريخي به درازاي تأسيس آن داشته و همواره هم‌سو با تدريس در آن وجود داشته است. وجود بزرگاني؛ چون شيخ طوسي، صدراي شيرازي، علامه مجلسي، علامه اميني و... خود گواه اين امر است. حوزه در مقام يک نهاد آموزشيِ پُرسابقه که طلاب، مدت زمان بسياري از روز خود را در آن سپري مي‌کنند، نقش وافري در رشد و پرورش ذهني آنها ايفاء کرده و بدانان جهت‌گيري فکري مي‌بخشد. اما امروزه پژوهش در حوزه‌هاي علميه از يک رشته درجه اول، به رشته‌اي درجه دوم فروکاسته شده است و حوزه‌هاي ما در مقام عمل، توجّه چنداني به آن ندارند. همواره گفته‌اند که اولين قدم در پژوهش، ايجاد مسئله است و تا مسئله‌اي نباشد، اصولاً به معناي واقعي، پژوهشي نيز صورت نمي‌گيرد. اما به واقع چرا در حوزه‌هاي ما آموزش، مسئله‌محور نيست؟ اساساً بايد گفت که پژوهش در حوزه‌هاي علميه هرگز نهادينه نشده است و متولّيان امر، چندان توجهي به آن ندارند. در اين راستا بايد به چند نکته اشاره کرد:
1. محتواي متون درسي: اساتيد و طلاب حوزه‌هاي ما بايد به اين نکته عنايت داشته باشند که لازمه و شرط اول پژوهش و حرکت در مسير توسعه علمي، داشتن تفکّر انتقادي (Critical thinking) و مسئله‌محوري است. از جمله مشکلاتِ عدم وجود تفکّر انتقادي در حوزه، نگاه قداست‌بخشي به گذشتگان و سايه سنگين آنها بر متون درسي است که حرکت حوزه‌هاي علميه را کند کرده است. شاهد اين امر، آن است که متون درسي حوزه، علي‌رغم گذشت مدت زمان نسبتاً زيادي از نگارش آنها و تغيير گسترده جوامع در قياس با آن زمان، همچنان دست‌نخورده باقي مانده‌اند. متون درسي حوزه بايد به گونه‌اي نگاشته شوند که افزون بر انطباق با تغييرات زمان، بتوانند تفکّر طلاب را مسئله‌محور کرده و آنها را ترغيب به پژوهش در حوزه‌هاي مورد علاقه خود نمايند.
2. اساتيد: مهم‌ترين نقش در جهت دادن به ذهن طلاب براي گام برداشتن در مسير پژوهش، بر عهده اساتيد است، که با طرح پرسش‌هاي متنوّع، متناسب با نياز و سطح طلبه، ذهن آنها را به سوي کسب دانش و معرفت سوق دهند. متأسفانه اساتيد حوزه صرفاً به امر تدريس اشتغال داشته و در پي آن نيستند که با ارائه پرسش‌هايي، ذهن طلاب را نسبت به مسئله يا مسائلي کنجکاو نمايند و آنها را به حرکت در جهت پاسخ به اين مسئله وادارند. به تعبيري بايد گفت که يکي از کاستي‌هاي بزرگ روش آموزشيِ کنوني حوزه، فقدان پرسش است. سخن ديگر، اين‌که هنوز مقوله تخصّص در حوزه‌ها چنان که بايد و شايد جدّي گرفته نمي‌شود و هر کس به خود اجازه مي‌دهد در حوزه‌هاي گوناگوني؛ چون فقه، اصول، کلام، اخلاق و... وارد شده و به آموزش آنها مشغول شود. پُرواضح است که آموزشي که خود مسبوق به تخصّص و دانش کافي نباشد، نمي‌تواند بر طلاب نيز تأثير چنداني بگذارد و ذهن آنها را درگير نمايد؛ چه همواره گفته‌اند که «هم سؤال از علم خيزد هم جواب». همچنين اساتيد، خود نيز چندان که بايد و شايد، مقوله پژوهش را جدّي نمي‌گيرند؛ نه خود چندان به اين مقوله مي‌پردازند و نه طلاب را به حرکت در اين مسير تشويق مي‌کنند.
3. واحدهاي درسي: واحدهاي درسي حوزه، همانند متون آن، کهنه و نامتناسب با نيازهاي روز است. ضرورت بازنگري در اين واحدها و طرح واحدهايي متناسب با نيازهاي زمان، به‌شدّت در حوزه احساس مي‌شود. با تأسف بايد گفت که هنوز در حوزه‌هاي علميه، درس پژوهش، هرچند به تازگي در واحد درسي برخي از حوزه‌ها گنجانده شده است، بسيار کم‌اهميت تلقّي مي‌شود و هنوز جايگاه مستقل و هم‌سطحي مانند ساير دروس پيدا نکرده است. همچنين سنگيني و فشرده بودن بيش از حدّ برنامه‌هاي درسيِ روزمره طلاب، مجال چنداني براي توجّه آنها به پژوهش باقي نمي‌گذارد و فشردگي بيش از حدّ کلاس‌ها، کار پژوهش را براي طلاب علاقمند به اين مقوله، دشوار ساخته است.
4. زيرساخت‌هاي مناسب: پژوهش در بُعد سخت‌افزاريِ خود، نيازمند امکاناتي؛ مانند اينترنت، کتابخانه‌هاي تخصّصي، سيستم‌هاي رايانه‌اي، حمايت‌هاي مالي و... است. هرچند حوزه‌هاي علميه در بُعد سخت‌افزاري و توسعه زيرساخت‌هاي پژوهش، گام‌هاي مثبتي برداشته و توانسته‌اند تا حدّ زيادي، کاستي‌هاي خود را در اين زمينه جبران کنند، اما هنوز تا رسيدن به سطح مطلوب، راه درازي در پيش دارند، و هستند حوزه‌هايي که هنوز در اين زمينه با مشکلات فراواني دست و پنجه نرم مي‌کنند.
5. ضرورت طرح آيين‌نامه پژوهشي: پژوهش مدوّن و سازمان‌يافته، نيازمند به وضع قوانيني حمايت‌گرايانه و نظام‌مند به سود پژوهشگران دارد. متأسفانه جاي خالي چنين آيين‌نامه‌اي که در مقام عمل، نه در مقام نظر، حامي پژوهشگران باشد، بسيار احساس مي‌شود. آيين‌نامه‌هاي تصويبي نيز غالباً دچار افراط يا تفريط هستند و کمتر آيين‌نامه پژوهشي يافت مي‌شود که مطابق با استانداردهاي ملّي و کشوري به نگارش درآمده باشد.
مواردي مانند سپردن سکّان پژوهش به دست افراد غيرمتخصّص، کمبود کارگاه‌هاي پژوهشي، شتاب‌زدگي در تحقيق، توجّه بيش از حد به مباحث نظري در حوزه و... نيز مانع رشد حوزه و حرکت آن به سوي پژوهش هستند، که در اين نوشتار، مجال ذکر آنها نيست. در مجموع بايد گفت که راه برون‌رفت از اين خمودگيِ مستولي بر حوزه، توجّه جدّي به مقوله پژوهش است، و تنها با تکيه بر آن مي‌توان به اعتلاي گذشته بازگشت.