پژوهش در کشور ما هنوز جايگاه اساسي خود را پيدا نکرده است. در دنياي غرب، درباره «تبليغات»، جمله معروفي وجود دارد که گفته مي‌شود: تبليغات هزينه نيست، بلکه سرمايه گذاري است. مي‌توان نسبت بين آموزش و پژوهش را نيز چنين بيان کرد که داخل کردن مقوله پژوهش در آموزش، هر چند به ظاهر، تنگ کردن جاي آموزش است، اما در اصل، کيفيت آموزش را افزايش مي‌دهد و آن را تعميق مي‌کند.
ورود پژوهش در حوزه‌هاي علميه به دو شکل مي‌تواند انجام شود: اول اينکه وقت خاص و نمره خاصي براي پژوهش در نظر گرفته شود و بدين ترتيب طلاب ملزم به سر و کار داشتن با پژوهش باشند. اين حداقل کار ممکن درباره نهادينه کردن پژوهش در حوزه مي‌باشد؛ دوم اينکه پژوهش، داخل در امر آموزش شود و به جاي اين که حجم بالايي از مطالب به طور حفظي و طوطي‌وار خوانده شود، حجم کمتري با طمأنينه و رويکرد پژوهشي خوانده شود و طلبه با مراجعه به کتب مختلف، جواب مسأله را به دست آورد و مقاله کوچکي نيز توليد کند.
البته براي رسيدن به دو مورد مذکور، بايد ابتدا زير ساخت‌هاي نهادينه کردن پژوهش در بين اساتيد، مهيا شود. به اعتقاد بنده، اگر در بين اساتيد حوزه‌هاي علميه، جو پژوهشي حاکم نباشد، اين فضا در ميان طلاب به سختي سريان خواهد يافت. حوزه علميه اگر به جاي اين که هزار طلبه پژوهشگر تربيت کند، چند استاد پژوهش‌محور تربيت کند، بهره‌وري کار خود را بالا برده است؛ زيرا اين چند استاد به نحو باليني مي‌توانند هزار طلبه پژوهشگر تربيت کنند. تجربه ما در چند سال فعاليت در امور پژوهشي نشان مي‌دهد طلابي که رتبه‌هاي برتر جشنواره علامه حلي(ره) را کسب کرده‌اند، تحت تأثير اساتيدي بوده‌اند که در القاء روحيه پژوهشي بهتر عمل کرده‌اند.
جاي بسي تأسف است که حوزه علميه با وجود عمق علمي بسيار زياد نسبت به دانشگاه، ازتوليدات پژوهشي بسيار کمتري برخوردار است. براي رسيدن به اين مهم، بايد در رتبه‌بندي اساتيد حوزه، توليدات پژوهشي آن‌ها حتماً لحاظ شود. حتي مي‌توان بسياري از مزاياي اعطايي به اساتيد و طلاب را بر اساس ميزان و کيفيت پژوهشي آن‌ها قرار داد.
در بحث آموزشِ پژوهش‌محور، توصيه مي‌شود مثلاً در درسي مانند لمعه، يکي از ابواب اين کتاب به طور پژوهش محور تدريس شود. نحوه اجرا به نظر بنده اين گونه است که يک يا چند مسأله پژوهشي در آن باب مطرح شود و طلاب به صورت گروهي با مراجعه به کتب فقهي و زير نظر استاد، به حل آن مسأله بپردازند و در آخر کار، هر گروه يک مقاله از يافته‌هاي خود ارائه دهد.
در بحث آموزش مقاله نويسي طلاب پيشنهاد مي‌شود از پايه اول، طلاب، درگير نوشتن تحقيقات کلاسي شوند. در ابتداي کار مي‌توان در حد يک جلسه دو ساعته کلياتي از روش تحقيق به آن‌ها آموزش داده شود و سپس موضوعاتي از دروس خود انتخاب کنند و در قالب‌هاي ارائه شده توسط معاونت پژوهش تحقيقي ارائه دهند. پس از آن، اساتيد و يا معاون پژوهش به صورت چهره به چهره و مستقيم، اشکالات کار طلبه را به او گوشزد کنند و او به رفع آن‌ها بپردازند. به نظر مي‌رسد بهترين راه آموزش پژوهش، علاوه بر آموزش کلاسي، آموزش باليني و در حين کار مي‌باشد. در سال‌هاي بعد، طلاب مي‌توانند سطوح بالاتري از مقاله‌نويسي را فرا گيرند و مقالات سطح بالاتري توليد کنند.