هدف اصلي متوليان، مديران و اساتيد محترم مدارس علميه، پرورش استعدادهاي بالقوه طلاب در دو بعد علمي و تقوايي است. در رابطه با ماهيت و شرافت علم و تعليم و تعلم، روايات متعددي با تعابير بسيار بلند و شگفت‌آور وجود دارد. شهيد مطهري در رابطه با علم مي‌گويد: «خداوند انسان را حقيقت طلب آفريده است؛ يعني انسان مي‌خواهد حقايق را آنچنان كه هستند بفهمد، مي‌خواهد اشياء را همان‌طور كه هستند بشناسد و درك كند، و اين فرع بر اين است كه انسان خودش را نسبت به حقايق، بي طرف و بي غرض نگاه دارد». بنابراين، علم، و پژوهش‌هاي علمي، چيزي جز حقيقت‌جويي نيست. از طلاب انتظار مي‌رود که فعاليت‌هاي علمي خود را با نيازهاي جامعه تطبيق دهند و خود را در صحنه‌هاي مختلف فلسفي، فقهي، کلامي و... در دنياي علم حاضر کنند و بار ديگر، مرجع علمي مسائل روز و نيازهاي جامعه شوند و حتي مبتکر برخي از رشته‌هاي علمي گردند و اين هدف ميسر نخواهد شد مگر با «آموزش پژوهش محور»؛ آموزشي که طلبه به جاي حفظ‌محوري، و آزمون‌محوري و نمره‌محوري، با تفکر، مطالعه، پرسش، پيگيري و پشتکار براي به دست آوردن علم تلاش کند. براي اين منظور بايد از همه فرصت‌ها و نعمتهايي که در دست دارد استفاده کند. روش‌هاي کنوني و مرسوم در حوزه‌هاي علميه داراي نواقصي است که بايستي مورد مطالعه و بررسي قرار گيرد. امروز در حوزه‌هاي علميه، اساس کار طلبگي، حفظ‌محوري است و نظام آموزش‌محور، سابقه‌اي طولاني در حوزه‌هاي علميه دارد. تا جايي که ديگر فضايي براي پژوهش وجود ندارد و دست‌اندرکاران امر پژوهش، به سختي و با موانع زياد چرخ پژوهش را مي‌چرخانند. نظامي که باعث مي‌شود بعضاً طلبه پس از سه سال تحصيل در حوزه علميه به نوعي بي انگيزگي و احساس ناکارآمدي در جامعه مبتلا شود و دست از تحصيل علم و حقيقت‌جوئي برداشته و بيشتر به فکر حل نيازهاي اقل جامعه بيفتد. مرکز مديريت حوزه‌هاي علميه، مرجع اصلي رسيدگي و حل اين مسائل است. اين مرکز مي‌تواند با تدوين نظام آموزشي پژوهش محور و با برگشت به اصول آموزشي موفقي که در گذشته مرسوم بوده، نواقص خود را برطرف کرده و زمينه پرورش انديشمندان و متفکران بزرگ اسلامي را فراهم آورد.